原著論文
1. Baba T.T. Restoration of mineral depositions by dexamethasone in the matrix of nonmineralizing osteoblastic cells subcloned from MC3T3-E1 cells. Calcified Tissue International 67, 416-421 (2000)
2. Nemoto T. K., Ono T., Kobayakawa T., Tanaka E., Baba T. T., Tanaka K., Takagi T., Gotoh T. Domain-domain interactions of HtpG, an Escherichia coli homologue of eukaryotic HSP90 molecular chaperone. European Journal of Biochemistry 268 (20), 5258-5269 (2001)
Hsp90ホモログである大腸菌HtpGを発現してそのドメイン構造を解析した．HtpGは3つのドメイン構造を持ダイマー形成においてN末ドメインとミドルドメインが相互作用し，さらにミドルドメインとC末ドメインが相互作用することを明らかにした．
3. Tanaka E., Nemoto T. K., Ono T. Liberation of the intramolecular interaction as the mechanism of heat-induced activation of HSP90 molecular chaperone. European Journal of Biochemistry 268 (20), 5270-5277 (2001)
Hsp90のクライアント結合能はストレス条件で獲得されることが知られている．本研究ではこの活性化機構について検討した．Hsp90のN末ドメインのC末側に位置するクライアント結合部位は通常はミドルドメインによって覆われているが，熱ショック時にはミドルドメインから解離しクライアント結合部位が露出するというモデルを提案した．
4. Nemoto T. K., Ono T., Tanaka K. Substrate-binding characteristics of proteins in the HSP90-family. Biochemical Journal 354, 663-670 (2001)
5. Ohba S., Baba T. T., Nemoto T. K., Inokuchi T. Expression of Hsp47in fibroblasts derived from fetal and neonatal rat tongues. Japanese Journal of Oral Biology 44 (6) 151-158 (2002)
6. Matsumoto S., Tanaka E., Nemoto T. K., Ono T., Takagi T., Imai J., Kimura Y., Yahara I., Kobayakawa T., Ayuse T., Oi K., Mizuno A. Interaction between the N-terminal and middle regions is essential for the in vivo function of HSP90 molecular chaperone. Journal of Biological Chemistry 277, 34959-34966 (2002)
Hsp90のN末ドメイン(1-400)とミドルドメイン(401－618)の重要性について検討した．アミノ酸置換E517A/L592Aを持つミドルドメインは低温度条件ではN末ドメインと結合したが，高温条件（37℃）では結合能を失った．これに呼応して，この変異を導入したHsp90 (yHsc82)のみを発現する酵母は，低温条件では生育可能だったが，高温では生育できなかった．
7. Wang, Z.-L., Inokuchi, T., Ikeda, H., Baba T. T., Uehara M., Kamasaki, N., Sano K., Nemoto T. K., Taguchi T. Collagen-binding molecular chaperoneHSP47 expression during healing of fetal skin wounds. International Journal of Oral and Maxillofacial Surgery 31, 179-184 (2002)
8. Wang, Z.-L., Inokuchi T., Nemoto T. K., and Uehara M., Baba T. T. Antisense oligonucleotide against collagen-specific molecular chaperone HSP47suppresses scar formation in rat wound. Plastic and Reconstructive Surgery 111 (6), 1980-1987 (2003)
9. Yamada S., Ono T., Mizuno A., Nemoto T. K. Hydrophobic segment within the C-terminal domain is essential for both client-binding and dimer formation of HSP90 molecular chaperone. European Journal of Biochemistry 270 (1), 146-154 (2003)
Hsp90はN末側に加えてC末側にもクライアント結合部位があり，さらにC末側ドメインはダイマー形成能も有する．本研究ではこれらの異なる機能の関連について検討した．その結果，ヒトHsp90αでは２つの機能ドメインは，ほぼ一致したアミノ酸配列に局在した．疎水性領域662-678において，疎水性アミノ酸を親水性アミノ酸へ置換すると，２つの機能はともに消失した．従って，C末側のクライアント結合はHsp90のダイマー形成を検出している可能性がある．
10. Ohba S., Wang Z.-L., Baba T.T.. Nemoto T. K., Inokuchi T. Antisense oligonucleotide against 47-kDa heat shock protein (hsp47) inhibits wound-induced enhancement of collagen production. Archives of Oral Biology 44 (6), 541-548 (2003)
ラット舌に作った傷から得た線維芽細胞のコラーゲン合成は亢進していたが，この亢進はHsp47アンチセンスオリゴによって抑制できる．旧 口腔外科学第二講座との共同研究．
11. Ishiwatari-Hayasaka H., Maruya M., Sreedhar A. S., Nemoto T. K., Csermely P., Yahara I. Interaction of neuropeptide Y and Hsp90 through a novel peptide binding region. Biochemistry 44 (42), 12972-12980 (2003)
矢原研（都立臨床研）との共同研究
12. Nemoto T. K., Fukuma Y., Yamada S., Kobayakawa T., Ono T., Ohara-Nemoto Y. The region, adjacent to the highly immunogenic site and shielded by the middle domain, is responsible for self-oligomerization/client binding of HSP90 molecular chaperone. Biochemistry 43 (23), 7628-7636 (2004)
ヒトHsp90αの高抗原性領域 (291-299)近くで，ミドルドメインによってシールドされる領域がHsp90の自己重合とクライアント結合に必須である．この領域でクリティカルな部位はアミノ酸340-350である．
13. Kawano T., Kobayakawa T., Fukuma Y., Yukitake H., Kikuchi Y., Shoji M., Nakayama K., Mizuno A., Nemoto T. K. A comprehensive study on their immunological reactivity of Hsp90 molecular chaperone. Journal of Biochemistry 136, 711-722 (2004)
ヒト（4種類のアイソフォーム），酵母，大腸菌，歯周病菌P. gingivalisのHsp90の抗原性を比較した．原核生物のHsp90 (HtpG)と哺乳類のHsp90は交差性を示さなかった．意外にもP. gingivalis htpG遺伝子の破壊はその成長やストレス応答性に何の影響も与えなかった．
14. Ono T., Nemoto T. K. Two forms of apatite deposited during mineralization of the hen tendon. Matrix Biology 24, 239-244 (2005)
加齢ニワトリ足の腱に生じる異所性石灰化機構について検討した．主な石灰化物はコラーゲン線維に沿って形成され針状の結晶構造を示した．しかし，腱細胞が存在していたスペースには，それとは異なり，麟片上の形態をもつ二種類のミネラルが検出された．その構造は人工的に作成したヒドロキシアパタイトに酷似していた．
15. Kishimoto J., Fukuma Y., Mizuno A., Nemoto T. K. Identification of the penta-peptide constituting a dominant epitope common to all eukaryotic Hsp90 molecular chaperone. Cell Stress and Chaperones 10 (4), 296-311 (2005)
33種類の抗Hsp90モノクローナル抗体のうち，19モノクローナル抗体のエピトープを大腸菌ディスプレー法で決定した．その結果，Hsp90の高抗原性領域の一つ（サイトIcと命名されている）は事実上すべての真核生物で共通の抗原性を有することが判明した．つまりこの部位を認識するモノクローナル抗体のうち２つ（K41110とK41116C）は検討した全ての真核生物由来Hsp90を認識した．
16. Nemoto T. K., Fukuma Y., Itoh H., Takagi T., Ono T. A disulfide bridge mediated at cysteine 574 is formed in the dimer of the 70-kDa heat shock protein. Journal of Biochemistry 139 (4), 677-687 (2006)
Hsp70は通常モノマーで機能するが，一部はダイマーになる．本研究ではHsp70のダイマーサブユニット構造について検索した．その結果，Hsp70のC末側のクライアント結合ドメインがダイマーになることを確認した．さらにC末の20アミノ酸残基を欠失するとダイマーになりやすくなること，またその際にCys574を介したジスルフィド結合が形成されることを明らかにした．
17. Tomita T., Ohara-Nemoto Y., Moriyama H., Ozawa A., Takeda Y., Kikuchi K. ：A novel in vitro pharmacokinetic/pharmacodynamic model based on two-compartment open model used to simulate serum drug concentration-time profiles. Microbiol. Immunol 51(5), 567-575 (2007)
２コンパートメントモデルで近似される血中薬剤濃度変化を再現する灌流モデルを開発した．このモデルを使うことにより，抗菌薬や抗ガン薬の作用効果をより的確に評価できる．
18. Kimura S., Ohara-Nemoto Y.：Early childhood caries and childhood periodontal diseases. In Pediatric Infection Diseases Revisited. pp 175-191. ed H. Schroten and S. Wirth, Birkhauser Verlag, Barsel Switzeland (2007)
小児での齲蝕と歯周病に関する総説
19. Ohara-Nemoto Y. ，Haraga H., Kimura S., Nemoto T.K. ： Occurrence of staphylococci in oral cavities of healthy adults and nasal-oral trafficking of the bacteria. J. Med Microbiol. 57, 95-99.(2008)
ブドウ球菌，特に Staphylococcus aureus は細菌性心内膜炎の起炎菌として高頻度で分解されるが，多くの症例で感染経路は明らかでない．本研究では，口腔経由の感染経路を想定し，口腔ブドウ球菌属菌の菌種とそれらの分解頻度を検討した．その結果，健康成人の口腔では80％以上の検体からブドウ球菌が分離され，９菌種が同定されたことから，口腔経由の感染経路が示唆された．
20. Nemoto T.K., Ohara-Nemoto Y., Ono T., Kobayakawa T., Shimoyama Y., Kimura S., Takagi T.：Characterization of the glutamyl endopeptidase from Staphylococcus aures expressed in Escherichia coli. FEBS J. 275, 573-587 (2008)
黄色ブドウ球菌のグルタミン酸特異的プロテアーゼ，いわゆるV8プロテアーゼは，プロテオーム解析に汎用されるプロテアーゼであるが，これまで本酵素を大腸菌で大量発現する効果的な方法がなかった．本報告では，V8プロテアーゼのプロペプチドにアミノ酸置換法を導入したり，近縁種である表皮ブドウ球菌同酵素のプロペプチドとキメラ分子を作成することでV8プロテアーゼの効果的な発現法を開発すると共に，アミノ酸置換法によって活性に重要なアミノ酸の役割を調べた．
21. Ohara-Nemoto Y., Ono T., Shimoyama Y., Kimura S., Nemoto T.K.： Homologous and heterologous expression and maturation processing of extracellular glutamyl endopeptidase of Staphylococcus epidermidis. Biol. Chem. 389, 1209-1217 (2008)
表皮ブドウ球菌の原因因子の１つとして菌体外に産生されるグルタミン酸特異的プロテアーゼ(GluSE)がある．本研究では，GluSEプロ配列の部分切断によって３種類のプロフォームが生じることを2D-PAGEとMALDI TOF-MSで同定した．また、リコンビナントプロテアーゼの解析から，そのうち２種類のプロ酵素は自己消化により生じること，プロ配列中の部分配列（11残基）により酵素活性の完全な抑制が可能であることを明らかにした．
22. Ono T., Nemoto T.K., Shimoyama Y., Kimura S., Ohara-Nemoto Y.：An Escherichia coli expression system for glutamyl endopeptidases optimized by complete suppression of autodegradation. Anal. Biochem. 381, 74-80 (2008)
Glu V8の高効率大腸菌発現法を確立した．さらに類縁種であるStaphylococcus warneriの酵素（GluSWと命名）に関しても同様のアイデアで発現系を確率しこの方法がグルタミン酸特異的プロテアーゼに普遍的に応用できることを示した．以前のYokoiらの報告(2001)で、E63-R64の自己分解によって生じるR64ANLPNN---分子が，活性を有する成熟GluSWであると報告されていたが，本報告により，R64をＮ末とするGluSWは活性をもたないこと，N66-V67の切断によって初めて活性分子が生じることが明らかになった．
23. Kobayakawa T., Yamada S., Mizuno A., Nemoto T.K.： Substitution of only two residues of human Hsp90α causes impeded dimerization of Hsp90β. Cell Stress and Chaperones 13, 97-104 (2008)
哺乳類のHsp90には異なる遺伝子にコードされる２つのHsp90アイソフォームHsp90αとHsp90βが存在する．そのアミノ酸配列は85%相同であり，物理化学的性質も似ている．しかし、Hsp90βのダイマー形成能はHsp90αよりも劣ることが知られている．本報告では，バクテリア２−ハイブリッド法を用いて，主に２つのアミノ酸の置換によって，Hsp90βのダイマー形成能が変化していることを明らかにした．
24. Baba T.T., Nemoto T.K., Miyazaki T., Oida S.: Simvastatin suppresses the differentiation of C2C12 myoblast cells via a Rac pathway. J Muscle Res Cell Motil 29, 127-134 (2008)
25. Nemoto, T., Ono, T., Shimoyama, Y., Kimura, S., Ohara-Nemoto, Y.: Alteration of proteolytic activities of glutamic acid-specific endopeptidases from staphylococci is defined by 3 amino acid substitutions. Biol. Chem., 390, 277-285 (2009)
3種のStaphylococci属のグルタミン酸特異的プロテアーゼの大きな活性差を起こすアミノ酸がたった３アミノ酸に違いによることを示した．
26. Kobayakawa T., Yamada S., Mizuno A., Ohara-Nemoto Y., Baba T.T., Nemoto T.: Single nucleotide polymorphism that accompanies a Missense mutation (Glun488His) impedes the dimerization of Hsp90. Protein J 28, 24-28 (2009)
27. Kishi, M., Abe, A., Kishi, K., Ohara-Nemoto, Y., Kimura, S., Yonemitsu, M.: The relationship of the salivary quantitative levels of Streptococcus mutans and S. sobrinus in mothers to the caries status and the colonization in plaque of mutans streptococci in their 2.5-year-old children. Comm Dent Oral Epidemiol 37, 241-249 (2009)
幼児口腔へのミュータンスレンサ球菌(MS)の定着と齲蝕発症に関与する因子として，母親唾液中のMS数の定量解析を行った．その結果，母親の唾液中MS数は2.5歳時の子供のプラークへの菌の定着と齲蝕発症に対して強い相関があることが明らかになった．
28. Ichinohe, N., Ohara-Nemoto, Y., Nemoto, T.K., Kimura, S., Ichinohe, S.: Influences of fosfomycin on Shiga toxin gene expression from Shiga toxin-producing Escherichia coli. J Med Microbiol 58, 971-973 (2009)